做慈善需要成本，这是现代慈善的一个基本命题，也是慈善机构无需避讳的一个话题。和其他社会组织一样，基金会的运营需要耗费大量人力、物力。中国基金会的管理费主要是指维持基金会正常运作的成本，基本分为基金会工作人员工资福利和行政办公支出。
以中国扶贫基金会汶川地震抗震救灾中执行费为例，基金会预提项目执行费约1902万元，占总筹款额的6.27%。基金会在抗震救灾中支出包括：救灾物资运费、差旅费、人员费、筹资费、监测评估费等项目。详见下表…[详细]
慈善公益事业的营运成本并非中国独有。以美国为例，美国民众已经普遍接受公益组织收取“行政管理费”。不过，从慈善捐助中提取的管理费并不是美国公益组织最重要的收入（不超过20%），甚至连第二重要的地位都没有，美国非营利部门的年度收入大部分是来自包括慈善组织在内的各类非营利组织的服务收入（大体将近占60%）以及政府部门的支持（大体占30%左右）。
从1988年国务院《基金会管理办法》颁布实施直到2004年执行新的《基金会管理条例》，我国基金会一直处于“零成本”运作状态。《办法》规定“基金会工作人员的工资和办公费用，在基金利息等收入中开支”，这意味着基金会不能从捐款中列支工作成本。基金会只能通过捐款收支的时间差，通过投资增值赚取经费保障机构正常运行。
为了保证基金会的健康发展，我国于2004年制定了《基金会管理条例》。2006年开始实施《基金会年度检查办法》。对基金会进行年度检查。根据《基金会管理条例》第二十九条的规定：基金会工作人员工资福利和行政办公支出不得超过当年总支出的10％。
从爱佑华夏基金会2010年6月发布的上年年报里可以看到，其对外投资、负债总额、管理费用、筹资费用、工作人员工资福利、行政办公支出几项，开支全部都是0元。这即是业内所称道的“零”管理费。“零”管理费并不意味着基金会没有运营成本费用，而是指将管理费与捐款分开，不再从捐款中按比例提取，而是将捐款全部用于项目的执行，管理费则另行筹集。爱佑华夏基金会每年的运营费用由理事们另行筹备。
另一个新采用这一模式的机构是梁树新的“微基金”。在其与贵州省青少年发展基金会签订的关于“微基金”的合作协议中规定，作为乙方的贵州省青基会不从“微基金”所募款项中提取任何管理费，必须的办公运营费用全部由企业赞助和管理费专项募资解决，以保证公众捐款100%用于项目本身。
然而阳光文化基金会副秘书长高广深认为，这种范式值得商榷，“过分强调‘零运营费’和‘零管理费’的概念对于慈善观念尚未成熟的中国民众也许会产生某种误导：做慈善执行不需要成本。这会伤害到以操作为主的草根NGO的生存空间。”
按照曹德旺与中国扶贫基金会协议，中国扶贫基金会在2亿元善款中有3%作为管理费，即600万元作为项目的执行费用。中国扶贫基金会执行副会长何道峰表示，实际上该项目的操作费用超出了600万。在项目执行费用之初，曹德旺考虑的仅仅是项目的直接费用，并没有考虑到间接费用。“比如工作人员的工资、住房条件等等。”何道锋说。中国人民大学非营利组织研究所所长康晓光说：“由于中国扶贫基金会属于扶贫办系统，在各省市县都有执行项目的“腿”，即各省市县的政府部门扶贫办，这些机构在该项目的实施过程中分摊了很大一部分执行费用。“如果没有扶贫系统，光靠中国扶贫基金会百来口人执行该项目，那执行成本得扩大1至2倍。”据资料显示，中国扶贫基金会近年来平均提取的管理费比例约为7%-8%。[详细]
中国的基金会有不同的背景，有些享受国家补助，有些则只能从募捐款中提取管理费以弥补成本的支出，统一的标准并非公平之举。也有人提出，行政管理费所占的比例小，并不能说明慈善机构的运营效率就高。如果慈善机构都以降低行政管理费的比例作为首要目标，很可能无法放手去选择最有价值的公益项目。
李嘉诚基金会北京办事处陈晓鸥认为，对于基金会来说，“不存在一个百分比的控制问题。预算报表和年报都写得很清楚，没有硬性规定。”陈晓鸥说，“只要是合理的都可以支出。并且各国有各国的管理方式，不能都按统一标准。”
按照国际惯例，红十字会管理费的提取比例以6.5%为上限。红十字的工作人员工资属于公务员级别，由国家负担。汶川地震后红十字会募捐到过亿的款项，但由于地震属于特大灾难，这次的救灾款物全部用于救灾工作，红十字会并没有收取管理费。
国外知名慈善机构的收取比例并不比国内低，不同于国内基金会，国外的基金会往往会定期公布账目。所有捐款人和普通民众都可以查询到管理费的详细使用情况。
美国慈善导航网是全球第一家针对慈善组织的评价网站，据其中数据显示：儿童基金会行政开支占8.4%、筹款开支7.4%。而难民署的筹款开支高达18%、行政开支占10.5%，项目费用仅70.5%。
休斯顿联合之路慈善总会每年募款6千万到7千万美元。总会的功能是为下属的70家社会服务机构统一募款，考核评估服务效绩，分配捐款，提供培训、协调活动等，不承办具体服务项目。休斯顿联合之路慈善总会的管理费中69％为132个员工的工资及福利，15％为办工楼以及社区服务中心的设施维护，包括水电、清洁、保险、电话、电脑通讯等方面的费用；11％为营运费用，包括办公用品、文宣、财务审计、员工参加会议和培训的费用等；4％上交会费（美国联合之路慈善总会以及德州联合总会的会员费）。会费大部分用来参加州和全国性的培训和专业会议。总会行政开支占当年募款总额的11－12％。
对于基金会以及其它公益组织来说，管理费用、运行成本其实必不可少，关键在于这些机构必须用实际行动说服大家，行政办公费用并不如大家所想象的那样“面目可憎”。目前，我国大部分基金会的管理费大多数账目基本不公开。“基金会中心网”的困境是这一问题的鲜活注解。2010年7月“基金会中心网”上线，意在推动全国基金会信息的透明化，让公众选择自己信任的基金会进行捐款。而8个月后的统计数据显示，中国现有的2000多家基金会中，有1300家还没有网站，800多家基金会电话联系不上，联系上的也以各种理由拒绝公开信息。
“我在乎的不是管理费的比例具体是多少，而在于你用这笔管理费做了什么，怎么用。”一位不愿具名的捐赠人的话，或许道出了公众对基金会提取管理费不满的真正原因。
